Los órganos de gobierno son los instrumentos que posibilitan la participación de los asociados en la toma de decisiones de la Federación, a través de procesos de elección democráticos y la ejecución de los acuerdos que en los mismos se adoptan a los efectos de dar cumplimiento a los fines y objetivos fundacionales de la Organización.

Los órganos de gobierno de la Federación Onubense de Empresarios son:

Asamblea General
La Asamblea General es el órgano soberano de la FOE, estando integrada por todas las Asociaciones miembro, las cuales estarán representadas por vocales compromisarios, en el número que le corresponda por aplicación de los módulos que se establezcan en el desarrollo reglamentario de los Estatutos, para las organizaciones miembros de Pleno Derecho, con la limitación de que ninguna Asociación podrá tener más de un tercio de compromisarios, ni que entre dos, sumen más del cincuenta por ciento (Art. 19)

Junta Directiva
La Junta Directiva es el órgano colegiado de permanente actuación, gobierno, gestión, administración y dirección de la FOE, supliendo a la Asamblea General entre sesiones.
Está compuesta por el Presidente, Comité Ejecutivo y un representante, al menos, de cada organización miembro (Art. 28)

Comité Ejecutivo
El Comité Ejecutivo es el órgano colegiado y permanente, encargado por la Asamblea General y la Junta Directiva del gobierno y administración de la FOE. Está integrado por el Presidente y veinte vocales, elegidos por la Junta Directiva (Art. 37).

• Manuel García Izquierdo (Vicepresidente 1º)
• Luis Márquez Díaz (Vicepresidente 2º)
• Gerardo Rojas Pacheco (Vicepresidente 3º)
• José Manuel Barranco Barragán, (Tesorero)
• Rafael Morales Noguera (Contador)